Berangkat dari niat untuk mengembangkan kota Jember sebagai salah satu kota pendidikan tenaga kesehatan di Jawa Timur, maka delapan orang tenaga kesehatan yang saat itu bertugas di Kantor Departemen Kesehatan/Dinas Kesehatan kabupaten Dati II Jember pada tanggal 4 Nopember 1993 telah bersepakat untuk membentuk sebuah yayasan yang bergerak dibidang pendidikan, yaitu Yayasan Pendidikan Tenaga Kesehatan, disingkat YPTK yang diketuai oleh dr. Olong Fajri Maulana.

Melalui Yayasan Pendidikan Tenaga Kesehatan ini, pada bulan Nopember 1993 mulai dirintis proses pendirian Sekolah Menengah Farmasi atau SMF Jember. Sehingga, pada tanggal 25 April 1994 terbitlah SK. Menkes. RI No. HK.06.1.1.1759 tentang izin sementara kepada Yayasan Pendidikan Tenaga Kesehatan Jember untuk mendirikan Sekolah Menengah Farmasi Yayasan Pendidikan Tenaga Kesehatan atau YPTK di Jember.

Dengan terbitnya SK tersebut maka dimulailah kegiatan-kegiatan SMF Jember, sehingga pada tahun ajaran yang pertama, 1994/1995, SMF Jember mendapat alokasi satu kelas untuk 40 siswa baru.

Karena kemampuan Yayasan masih sangat terbatas maka proses belajar mengajar siswa SMF Jember untuk tahun ajaran 1994/1995 dilaksanakan di gedung sekolah milik Yayasan Pendidikan Kartini, yang terletak di jalan Letjen Sutoyo 26 Jember.

Pada tahun ajaran 1995/1996 dengan bertambahnya siswa baru dan keterbatasan lokal di gedung sekolah milik Yayasan Kartini, maka SMF Jember harus mencari lokal baru yang sesuai dengan kebutuhan. Pada tahun ini kegiatan diselenggarakan di gedung sekolah milik Yayasan Pendidikan Kosgoro, yang berkedudukan di jalan dr. Soebandi no Jember. Pagu siswa baru 40 siswa.

Pada tahun 1995/1996 itu Yayasan Pendidikan Tenaga Kesehatan merencanakan untuk membangun gedung sekolah milik sendiri, di atas tanah sertifikat hak milik dengan 3984 m2, di Jalan Pangandaran 42 Antirogo Jember. Pembangunan gedung ini telah dimulai pada tanggal 2 Nopember 1995, yang ditandai dengan peletakan batu pertama oleh Ketua Yayasan Pendidikan Tenaga Kesehatan Jember, dengan lantai bangunan seluas 985 m2.

Sejak tahun ajaran 1996/1997 sampai sekarang semua kegiatan belajar mengajar SMF Jember sudah dilaksanakan di gedung milik Yayasan Pendidikan Tenaga Kesehatan Jember.

Sesuai dengan Undang-undang Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional dan aturan pelaksanaannya, maka sejak tahun ajaran 2008/2009 SMF Jember beralih izin dan pembinaan dari Departemen Kesehatan ke Departemen Pendidikan Nasional. Sesuai ketetapan Kepala Dinas Pendidikan Provinsi Jawa Timur melalui suratnya nomor : 421.5/3310.1/108.09/2008, tanggal 26 Juni 2008 tentang Izin Penyelenggaraan SMK Farmasi Jember, maka nomenklatur SMF Jember secara resmi berubah menjadi SMK Farmasi Jember.

Sesuai nomenklatur, SMK Farmasi Jember tetap konsisten menyelenggaran pendidikan kejuruan dengan kompetensi keahlian Farmasi.

Walaupun izin penyelenggaran dan pembinaan berada pada Departemen Pendidikan Nasional/Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan, sebutan lulusan SMK Farmasi Jember bernama Asisten Apoteker/Tenaga Teknis Kefarmasian. Sesuai undang-undang nomor nomor 36 tahun 2014 tentang Tenaga Kesehatan dan aturan pelaksanaannya, maka sebutan lulusan SMK Farmasi Jember berubah menjadi Asisten Tenaga Kesehatan Bidang Farmasi.